O Yellowstone Lake possui 7.500 pés de altitude e 136 milhas quadradas de área de superfície, tornando-o o maior corpo de água de alta altitude do continente. Formado pela ação glacial e remodelado pelo colapso da Caldeira de Yellowstone há 640.000 anos, o lago fica diretamente sobre um dos sistemas vulcânicos mais ativos da Terra. Fontes hidrotermais exalam água superaquecida através de fissuras no fundo do lago, criando gêiseres subaquáticos que os cientistas documentaram pela primeira vez com sonar na década de 1990. A Bridge Bay Marina, o único ponto de lançamento comercial na margem norte do lago, abriu em 1950 para servir os visitantes do parque que buscam acesso aquático a esta anomalia geotérmica. Os ingressos para passeios de barco no Yellowstone Lake concedem passagem por uma bacia onde trutas-degoladas navegam por colunas de água estratificadas termicamente e águias-carecas patrulham a costa em busca de carcaças deixadas pelo gelo do inverno. A West Thumb Geyser Basin, visível das rotas de passeio no meio do lago, marca o local de um evento vulcânico secundário há 150.000 anos que formou uma baía no flanco oeste do lago. As embarcações de turismo traçam um caminho entre a Stevenson Island — nomeada em homenagem a um membro da expedição de 1871 — e a Absaroka Range, cujos picos se elevam a 4.000 pés acima da água. As partidas matinais entre 9:00 e 11:00 normalmente encontram condições mais calmas antes que as térmicas da tarde gerem agitação causada pelo vento.