Le lac Yellowstone se situe à 7 500 pieds d'altitude et couvre 136 miles carrés de surface, ce qui en fait le plus grand plan d'eau à haute altitude du continent. Formé par l'action glaciaire et remodelé par l'effondrement de la caldeira de Yellowstone il y a 640 000 ans, le lac repose directement sur l'un des systèmes volcaniques les plus actifs de la Terre. Des évents hydrothermaux expulsent de l'eau surchauffée à travers des fissures dans le fond du lac, créant des geysers sous-marins que les scientifiques ont documentés pour la première fois avec un sonar dans les années 1990. Bridge Bay Marina, le seul point de lancement commercial sur la rive nord du lac, a ouvert en 1950 pour servir les visiteurs du parc cherchant un accès par voie d'eau à cette anomalie géothermique. Les billets de tour en bateau sur le lac Yellowstone permettent de traverser un bassin où les truites fardées naviguent dans des colonnes d'eau thermiquement stratifiées et où les pygargues à tête blanche patrouillent le rivage à la recherche de charognes laissées par l'érosion des glaces hivernales. Le West Thumb Geyser Basin, visible depuis les itinéraires de croisière au milieu du lac, marque le site d'un événement volcanique secondaire il y a 150 000 ans qui a creusé une baie dans le flanc ouest du lac. Les navires de croisière tracent un chemin entre l'île Stevenson — nommée d'après un membre de l'expédition de 1871 — et la chaîne Absaroka, dont les sommets s'élèvent à 4 000 pieds au-dessus de l'eau. Les départs matinaux entre 9h00 et 11h00 rencontrent généralement des conditions plus calmes avant que les thermiques de l'après-midi ne génèrent du clapot sur le lac. La fenêtre saisonnière pour les croisières guidées sur le lac Yellowstone s'étend de mi-juin à mi-septembre, limitée par la couverture de glace qui persiste jusqu'à fin mai et revient début octobre. L'infrastructure de Bridge Bay comprend une station-service, une rampe de mise à l'eau et une station de rangers surveillant la population native de truites fardées contre les truites de lac invasives. Les opérateurs de croisière fournissent des commentaires couvrant les incendies de 1988 qui ont remodelé 36 pour cent du parc, l'essaim de séismes de Norris-Mammoth en 2014 et les recherches hydrothermales en cours menées par l'Observatoire volcanologique de Yellowstone de l'U.S. Geological Survey. Le pass véhicule de sept jours à 35 $ requis pour l'entrée dans le parc donne accès à toutes les marinas et aux sentiers dans la limite de 2,2 millions d'acres de Yellowstone.